» >出力直後は気付かなかったのですが
プリンタですか？

グラデーションの距離と色を書いていただけると皆さんためしてみるのでは？

グラデーションは、距離と（解像度・線数←確かそうだったかなぁ）が関係したと思います。
マニュアルの後ろの方にのっていたかな？

» のらクロさんの職場のIllustratorのバージョンはいくつでしょう？
というのもウチでは5.5を使用していて、8.0のデータをそのまま開くと、今回のご質問のような現象が起こる事があるので。。。私は10で開いて、5.5で保存し直してますよ♪ご参考になると良いのですが。

» 誰が見ても『なんだこりゃ？』って程ひどいでしょうか？それとも良く見ると粗いんじゃないかという程度でしょうか？出力機によっても差があるので一概にはいえませんが、書類設定の『コンパチブルグラデーション＆グラデーションメッシュプリント』にチェックを入れて出力してみましたか？いわゆるトーンジャンプならば多少改善されるかも。どうしてもダメな場合、そのグラデをphotoshopデータに書き出して、ノイズをちょっと（原寸、400dpiで5くらいが目安）かけるとジャンプは目立たなくなります。

» たいへん遅くなりましたが
原因らしきものが判明したので御報告します。
問題が起きたオブジェクトは「閉じていないパス」でできていました。
（極端に言うと、アルファベットのUみたいな形のパスです。開いた部分が、他のオブジェクトの下に隠れていたので、気がつきませんでした）
全体にオーバープリントブラックをかけると、その部分だけグラデーションが変化してしまうのです。
当方で手を加えて「閉じたパス」に変えたところ、問題が起きなくなりました。
・・お騒がせしました。