» 001
・バージョンくらい書いてください。
・置き換えられる「見出し」は、どういう状況なんですか？　あなたしか「見出し」と認識できないのか、コンピュータでも認識できるんですか？
　このあたり、ほかの人にも判るように書いてもらわないと。

» 002
失礼しました。
indesignはCS２を使っています。
indesignは初心者なもので、うまく説明が伝わらないかもしれませんがよろしくお願いします。
見出しとなる文字が「INTRODUCTION」や「はじめに」とすると、そのすぐ上の行にわかりやすく「\見出\」という文字を置き、こういうのがたくさんあるので、それらを「検索と置換」をつかってこれらの見出しに段落スタイルを一括で適用できるようにしたいのですが、ヘルプを調べてみたのですが、よくわかりませんでした。
この場合どう設定したらよいのでしょうか？

» 003
\見出\INTRODUCTION（改行）
であればそのまま「\見出\」を検索して段落スタイをを適用すればいいと思います。
「\見出\」は削除しつつ検索置換するか適用後に削除するといいのでは？
\見出\（改行）
INTRODUCTION（改行）
であれば先ず
\見出\（改行）
の（改行）を先に取って次のINTRODUCTIONとくっつけてから先の方法を実行するといいかも？

標準の検索置換で難しいような操作は、タグ使ってエディターのマクロ使ったほうが楽かもしれません。