InDesign CS2のＥＰＳ書き出し

こんにちは。
いつも参考にさせていただいています。
本日は入稿用のデータで、ちょっと解せない現象が起こってしまったのでご相談です。

Mac G5、OSX 10.4　InDesignCS2を使用してデータ作成（新聞用）をしており、入稿形式を指定されている関係でEPSに書き出して納品しています。
　これまではデータ書き出しでEPSを選び、グレースケール（モノクロの場合です）を選んで保存で問題がおきることは無かったのですが、今回同じようにして作成したところ、プリフライトチェックのソフトで「ＣＭＹＫカラーが使われています」というエラーが出てしまいました。しかも張り込みの写真類などではなく、ベースとなっているInDesignの書類に。

　しらみつぶしにパーツなどを調べて、黒一色であることを確認したのですが、どうしてもエラーがでます。（そもそもグレースケールで書き出ししているのに…）心当たりといえば、InDesignをアップデートしてCS2　4.0.4にしたことくらいなのですが、他に同じような現象起こった方いませんか？

入稿自体は問題ない、と言われているのですが原因が分からないのでとても気持ち悪いです。