InDesignCS2の特色・スミで作られているデータ

長文になってしまいました、申し訳ありません。

昨夜19時に、その日中に下版の物件がやってきました。再校です。
データは、InDesignCS2で仕上げられ、イラストレーターv10のイラストや、psd形式、EPS形式（ダブルトーン）の画像などが貼られている、特色＋スミでできていました。

初校を担当したオペレーターは、入校されたままの特色+スミの2色でPDF/X1-aを書き出し、ファシリスで面付けし、Valianoflow3(3.1.2)で演算し、プルーフを出していました。

再校での修正ページは５ページ。
そのうちの４ページは初校と同じ方法で問題なく対処できました。
が、残りの１ページに手こずりました。

そのページの作り方は．．．
・イラストレーターv10で作った、特色+スミの2色のeps形式のパーツが貼ってある。
・そのパーツ内にレイアウトされる画像がパーツには配置されていなく、
　InDesignで、イラレのパーツの下に配置されている。
・画像は２色で表現しているため、
　特色（ダブルトーンのepsデータ）の画像の上に、
　同サイズのグレースケールのpsd形式の画像が重ねて配置してました。
　グレースケールの画像の方は、必要箇所以外は背景を消去していて透明化
　をさせようとしてました。
　
修正データと一緒に入校された出力紙では、きちんとイラレのパーツも、
その中にレイアウトした、イラレのパーツの下に配置した重ね合わせた画像も印字されているのですが、画面表示では下に配置した画像はイラレのパーツで隠れてしまい見れない状態。
出力紙はでているので、試しに、と思いPDF/X1-aを書き出してみたが、画面表示と変わりません。画像が隠れてしまってました。
アクロバットのオーバープリントプレビューにしてみると、下に配置された画像が見れました。
またまた、試しにValianoflow3(3.1.2)で演算させてみると、画像は表示されずNGです。

最初にとった対処は、イラレのパーツ中で画像を配置する方法です。
InDesignの作り方同様、特色の画像の上に、グレースケールのpsd形式画像を配置してみたのですが、グレースケールの画像のみが表示されました。

次にイラレのパーツ内に配置した画像を埋め込みました。
結果、特色の画像が見れるようになったのですが、分版してプルーフに出してみると5色になってしまっていて、特色の画像の部分はCMYKで表現されていました。
ダブルトーンの画像をイラレに埋め込むと、その時点でCMYKのかき合わせになるのでしょうか？（CMYKモードだからだと推測してます）

時間もかかってしまっていたので、このページがからむ台だけ、日頃自分で作業する方法の、プロセスのC+Kに割り振ってデータを作り替えようと思いました。
ところがここでまた困ったのですが、InDesignのスウォッチで登録されている色を、特色からプロセスに変えられましたがカラーモード以下が編みかけで表示されていて変更ができないのです。
途方にくれかけるところでしたが、スウォッチの設定を見てみたら、その色はC100M57Y0K2でした。ラッキーでした。
5色で出力されてしまった時のデータをValianoflow3(3.1.2)で演算し直し、C+KのみでCTPで出力してもらい下版することができました。

その後、今日もいろいろ調べていてわかったことがあります。
・入校されたデータの状態で、イラレのパーツの下の画像が表示されていなかったのは、
　イラレのパーツで透明の部分がなぜか白として扱われていたようです。
　試しにイラレのパーツをPDF形式で保存し、InDesignに配置する際に、
　「読み込みオプションを表示」にチェックを入れ、
　「背景を透明に」にチェックを入れて配置してみたところ、
　InDesign上でパーツの下の画像も画面表示されるようになりました。
・ダブルトーンの画像の上に重ねて配置したグレースケールのpsd形式の画像は、
　切り抜き処理をしEPS形式で保存し、置き換えてみました。

このデータで、面付け処理、Valianoflow3(3.1.2)で演算、プルーフ出力をしたところ、
やっと出力紙通りのイメージで、特色+スミの状態で出力することができました。

とりあえず今回は難を逃れることができたのですが、自分としてはプロセスのCMYKに割り振って対処していきたいと思ってます。
InDesignのスウォッチ設定で、なぜ色を変えられなかったのか、わかる方いましたら教えてください。
よろしくお願いします。