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CS2ではそれがデフォルトのようですね。
現在の読み込み設定が気に入らず毎回設定を変えているなら、
一度環境設定ファイルを削除して設定し直してみてはいかがですか。

Windows では InDesign を起動後、ただちに Shift+Ctrl+Alt キーを押します。環境設定ファイルを削除するかどうか訊ねるメッセージが表示されたら「はい」をクリックします。

Macintosh では、Shift+Option+Command+Control キーを押しながら InDesign を起動します。環境設定ファイルを削除するかどうか訊ねるメッセージが表示されたら「はい」をクリックします。

注意： カスタム字形セットは、InDesign の環境設定とデフォルトをリセットするときに削除されます。字形セットを作成している場合は、InDesign SavedData ファイルのバックアップコピーを作成しておくようにしてください。カスタム字形セットの作成について詳しくは、字形セットを作成するにはを参照してください。
（CS2ヘルプより）

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「Microsoft Excel 読み込みオプション」を非表示にする方法はありません。