InDesignへの効率良いPDFの貼り込み方を教えてください

いつも楽しく拝見しています。
年明け一番で1000P強のWord97から書き出したPDFデータをInDesignに貼って出力することになりました。Word上でノンブルは入れてあるようなのですが、過去に同様の出力で表裏のノンブルの位置が合わないことがあり、PDFのまま出力することが危険なため、InDesign上でマスターページでノンブルを貼り替えるということになりそうです。時間の制約もあり、プラグイン等で何か良い物がありましたら教えていただけませんでしょうか？また、書き出したPDFでもノンブルが左右にずれない方法をご存知でしたらとても嬉しいです。どうかお助けください。よろしくお願いします。