» 周辺機器の接続はどうなっていますか？
あったら、まず、外せる物は外してから試してください。

あとは機能拡張系でしょうか。
そちらも、不要な物があったり、怪しげなのがあったり、同じ名前やアイコンのもの（日本語名と外国語名のものがはいっていることはたまにあります。）が入っていたりしないか確認してください。
できれば、別名で新規インストールをしてみてそちらと比べてどうなるかですね。
（古い環境への復帰はシステムフォルダ内のfinderを、システムフォルダの外へ出したり入れたりする事で切り替えできます。）

これでだめなら、HDDの物理的な異常なども考えられますが。

» 共有設定をしていませんか？

» >>共有設定をしていませんか？
そうですね、見落としていました。これが一番可能性高いですね。

» この辺りが怪しいような気がします。

http://til.info.apple.co.jp/cgi-bin/WebObjects/TechInfo.woa/wa/showTIL?id=31175
また、
最近メモリを大量に増設してらっしゃいませんか？
commandとoptionを押しながら［コントロールパネル］→［メモリ］を開くと、
一番下に「メモリテスト」なる項目が表示されますので、
「切」を選んで試してみてください。
（とはいえ、
メモリチェックに5分は長過ぎですが…）

» 皆さま、返答をいただきありがとうございました。

がびサン、とぼねサン、
共有設定は確かにしています。だけど、ファイル共有を切るにしても、同じくらい時間が掛かるんです・・・。
なので、がびサンが教えてくださった、周辺機器や機能拡張で色々と試してみます。

をくサン、
メモリは増設していないですが、一度試してみます。ありがとうございました！