pdfが、謎のデータサイズ縮小

いつもお世話になっております。
表題の件ですが、Indesign　CS→Distiller 5.0より書き出した
pdfデータ(A)を、同数ページのダミーデータ(B)上に、
「ページの置換」で全ページ張り替えたところ、
どういう訳かデータサイズが半分程になってしまいました。
サイズが小さくなるのは願ったり叶ったりなのですが、
万が一、必要な情報までなくなっていたらと考えると…。
問題はありませんでしょうか？
下記に、現在までの検証状況をお伝えします。

●作業環境はOSX(10.3.9)/OS9.2.2、Acrobat5.0、
　Acrobat Ditiller 5.0、IndesignCS(3.0.1J)
●作業の流れは以下の通りです。
　1　OSX(10.3.9)/IndesignCS(3.0.1J)でps書き出し
　2　OS9.2.2/Acrobat Ditiller 5.0でpdfを生成
　3　Acrobat5.0上で全ページ置換
●フォントの埋め込み方法や、画像サイズ、RGB使用など、
　Web用に最適化済みのデータです。
●(B)については、(A)をコピーしたもの（つまり、全く同じデータ）
　でも同様の結果が得られました。
●(A)を別名保存しても、サイズの変化はありませんでした。
●(A)と(B)を比較しても、使用フォント、画像解像度に
　変化は見受けられませんでした。
●Acrobat6.0.3では、同様の現象は見られませんでした。

以上です。
よろしくご教示の程、お願い致します。