同一PDFなのにアプリで全く別物を表示

もともとIllustratorCS2で作成したPDFですが、イラレで開くのとAdobeReaderで開くのでは全く別物が表示されます。保存時刻が違う2種類のデータが同一ファイルに含まれているようです。
ちなみにPhotoshopCS2で開くとPDFと同じ画像になります。

心当たりといえば拡張子無しのPDFをAI形式で保存し直し、再度PDFに保存したような？

20数年DTPやって初めての経験でビックリしてます。