PDF変換するとQRコードが反転します。

os10.3.9を使用しています。

イラストレータCS2においてフォーマットAdobe pdfで別名保存したのですが、
保存されたデータをAcrobat7.0で開けましたらQRコードが白黒反転になっていました。

保存方法の詳細は準拠する規格をPDF/X-1a:2001を選択し、
カラー、
モノクロ、
白黒をすべてダウンサンプル（バイキュービック法）、
350dpi、
圧縮をすべてzipにしました。

再度その設定で保存しますとちゃんとバーコードは表示されました。

バーコード白黒反転になった場合、
保存方法を間違えていたのでしょうか。

イラストレータのデータでは、
QRコードの写真は埋め込んでいます。

よろしくお願いいたします。