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返答に窮する書き込みだからだと思いますが、レスがないので出しゃばって書きこみます。pepeさんの質問には大きな不明点がいくつかありますので、箇条書きでおたずねしますね。

１．お作りになった「グレーのグラデーション」のカラーモードはグレースケールでしょうか？　モード設定は「イメージ」→「モード」から選択できます。作ったグラデーションがモニタでグレーに見えても、CMYKとRGB、あるいはグレーモードで作ったものは全く別物です。
２．「illustratorに配置して印刷」とあるのは、商業印刷（印刷機）でしょうか、それともプリンタレベルの話でしょうか？
３．「カラー設定で注意しなければならない点は？」とありますが、対象としているのが１のモードの話なのか、あるいは文字通り「カラー設定」なのか判断が付きかねます。

１ですが、印刷対象ならグレー（またはCMYK）モードで作成しますよね。それを配置するIllustratorですが、印刷目的のようですから「ドキュメントのカラーモード」はCMYKになっていますよね？　これがRGBになっているとお手上げです。

２ですが、プリンタ出力の話なら、プリント設定できているかどうか。プリンタにもよりますので個々の機種によって設定は大きく違いますが、悩まずグレースケールでプリントするものもあれば、当然のようにカラー（いろんな色を合わせて表現）でプリントする機種も少なくありません。「印刷」で「深緑のような色」と言われても答えようがないのが本当のところです。

３は後者の話であって欲しいところですが、なんだかモードの話のような……。