Suitcase X1からのメッセージ

環境OS10.3です。
Suitcase X1を入れました。
主にClassic環境でアプリケーションを起動すると、自動起動されるフォントに対して
『Suitcase データベースに のインスタンスが複数存在します。印刷の問題を分けるには、Suitcase を起動して、正しいフォントが使用可能になっていることを確認してください。』
というメッセージがでます。
すべてのフォントに対してというわけではなく、最初はTimes、Helveticaのみだったのでこれを削除した所、次はSyntax、次は・・という感じでメッセージが出たフォントを削除してもまた新しいフォントに対してメッセージが出続けます。
フォントはそのまま使える場合もあり、使えない場合もあり様々です。
サポートセンターに聞いた所、初期設定ファイルを削除しても治らないのであれば特に対処法が見つからないということでした。
どなたか同じ症状だったり、対処法を知っている方がいましたら教えいただけないでしょうか。
よろしくお願いします。