イラレver.10入稿方法

Win XP
イラレ10
フォトショ7

今の環境は上記なのですが、以前は
macOS9.1
イラレ8.01
フォトショ5.5
でした。通常の入稿データ作成時に上と下の環境ですと
どのような変わりが出ているのか教えてください。

イラレ8.01の時は画像配置にフォトショEPSを
リンクしていましたが、イラレ10にヴァージョンが変わってからは埋め込みが良いと聞きました。
埋め込みの場合、画像の解像度やサイズの設定は
必要なのでしょうか？

また、画像埋め込みで作業をしている為ファイル容量がかなり大きくなっています。
それが原因か分からないのですが、
aiで保存したはずのデータを再度開くとPDF形式に
勝手になっていたり、開けなくなることもあります。
保存の際の注意点も教えてください。

初歩的な質問で申し訳ないですが、よろしくお願いします。