> Quarkで作成したドキュメントを3.3形式で保存すると、
> スタイルシートが保存できない状況にみまわれています。
> 4形式ですと、問題ないのですが、3.3形式で保存すると
> だめなようです。

登録しているスタイルシートとは段落スタイルシートですか文字スタイル
シートですか？
文字スタイルだと3.3Jには無い機能ですので3.3J形式にして保存すると情
報は失われてしまいます。段落スタイルは基本的に残ると思うのですが。。

4.1で作成して3.3形式で保存したデータを貰ったときはとくに問題なく3.3
で使用することができましたのでドキュメントに問題があるか、他に問題が
ある可能性もあるかもしれませんね。
QuarkXPress 3.3だと4G以上のボリュームで使用すると不具合が起きるこ
とがあるという制限があるようですが、それらはクリアしていますか？
（4.xでも4G制限があるかはわかりません）