> Illustrator csの初期設定を変更（フォント、線種など）したいのですが
> どこで設定すれば良いのでしょうか

デフォルトのフォントの変更は下記が参考になると思います。
http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?223223+002

KOUJIさんありがとうございます。
デフォルトフォントの変更は出来ました。