印刷関係で働くものです。
データを軽くして早く出力するというのを考えているところがあるので、基本的には『リンク』の方がいいと思います。
配置する画像の点数にもよりますが、例えば10点の画像がリンクされているデータと埋込まれている画像とでは、埋込みの方がIllustratorのデータ事態の容量も重たくなりますし、出力にも時間がかかると思います。ましてや50点や100点なんてことになればその分時間がかかりますね。出力エラーの原因になる場合もあります（それだけが原因じゃないときもありますが）。埋込みはEPSのバイナリ形式で保存されたものを貼り込むと思うんですが、リンクならPhotoshopのEPSオプションのところでエンコーディングがJPEGでも張り込めますし。
『リンク』で配置して、「配置された画像を含む」にチェックを忘れず、入稿する時にはIllustratorデータはもちろん、そこに貼り込まれた画像も一緒に渡してあげれば大丈夫だと思います。画像は入れた方がいいと思います。例えチェックが外れていても画像が一緒にあれば対処できますし。
重くなることを除けば『埋込み』の場合、画像を一緒に入れなくても良い、という利点はあります。ただ極端な話、完璧なデータであれば『リンク』の場合も、画像を入れ忘れても出力は可能なんです。完璧なデータというのはIllusutratorのデータがEPS保存されていて、出力する方の会社でそのデータを開かなくても良い場合です。
ただ、ウチの会社のケースの話なので参考にならなかったらスミマセン。実際に出力するところに問い合わせてみるのもいいかと思いますが。
一つの意見として読んでいただければと思います。

出力業務に携わっております佐藤と申します。
うちの会社では次のようにお願いしています。

1.イラストレータEPSで入稿し製版側で全く修正の必要ないものは
　リンクで貼り込みEPS保存時に画像を含むにチェックを入れてもらう
　（貼り込み画像データなしでも受け付ける場合あり）
2.イラストレータ形式で入稿するものはリンクで貼り込み、画像は
　必ず添付してもらう

リンクを推奨しているのは「埋め込んだ後に画像に修正を加えた場合に
更新されない」ことによるトラブルを防ぐためです。
画像を埋め込んだもので修正画像を再度配置していないものは、場合に
よっては修正前（埋め込まれているもの）の画像で出力します。
出力見本だけで判断できないことや点数が多すぎて確認していると納期
の間に合わないものは仕方なく前述の対応をしています。

バンドエードさん、佐藤さん、ありがとうございました！
画像の埋め込みって、一度もやったことがなかったので
バイナリで埋め込むものだとは知りませんでした。
（初歩的すぎですね...（--））
全てバイナリで埋め込むとなると、とてもじゃないですが
データが大きすぎて大変なことになりそうです（^-^;;;

イラレファイルをEPS形式で入稿するなんて、全く知りませんでした。
イラレ形式と、両方入れておくことにします。
凄く勉強になりました！

うちの会社は人の入れ替わりが激しくて（しかも経験者は殆ど入らない）
詳しい人がいないので、この掲示板はとても助かります！
また質問させて頂くと思いますが、よろしくお願いします！（^-^）