ウインドウシェードした状態で保存していませんか？
もしそうであればAI9のバグです。9.02へのアップデータが出ているので
アップデートすれば解消できます。

それ以外のことで壊れてしまうということであれば、壊れる状況に再現性が
あるのであれば、どのような操作をしたときにファイルが壊れるのかを書い
ていただいた方が原因がわかりやすいです。
イラストレータだけでなく他のデータも頻繁に壊れたりするのでしたらHDか
システムに問題ある可能性もあるので、AI9.02へのアップデータをかけて
も改善されないようでしたら、システム環境についての情報も書いてください。