新環境にて。。。

皆さんこんにちは。初めて書き込みさせていただきます。
ちょっと困った問題が起きまして…。
実は、最近Macの環境を
・OS X（10.2.6）　・Illustrator10.0.3　・OS X専用CID-FONT
に変更して、仕事をしています。
先日、イラレで文字ボックスを作り、文字を流し込み、
「ジャスティファイ」にして保存（AI形式）しました。
次の日に開いてみると、文字組みが変わっていたり、
文字が増えていたり、消えていたり（一文字程度ですが）
と困った問題が起きました。
これはイラレの「詰め」機能を使用しているせいでしょうか？
わかりにくい説明で申し訳ありませんが、お力をお貸しください。