いくつか明確にした方が、レスが付きやすいと思います。

＞ＭとＫだけ使ったEPS画像
　EPSのエンコーディングは？

＞Illustlator8.0に配置してRIP分版で出力したら
　Ｍ版Ｋ版の出力結果は、概ね予定通りだったんですか？
　Ｃ版Ｙ版には、何が出力されましたか？

＞CMYKの画像で、ＭとＫだけ使ったEPS画像を
＞Illustlator8.0に配置してRIP分版で出力したら全ての版に分版て
＞出力されてしまいました。

これで正解でしょう
CMYKの画像のC・Yは、白（0％）の情報が入ってますから
対処の方法
1　Mac出力でM・Kの２色のみ出力
2　RIP分版の設定を変えてM・Kのみ出力
3　RIP分版で全版分版後　RIPのモニターで確認　不要な物を削除
　必要な物だけ出力

僕は、３番でいつも出力してます。（安全第一）
　

ron.さん、シーバス＠大阪さん、返信ありがとうございます。

>ron.さん
>EPSのエンコーディングは？
JPEGエンコーデイングです。
RIPは対応していますし、いつもJPEGエンコで出力しています。

>Ｍ版Ｋ版の出力結果は、概ね予定通りだったんですか？
>Ｃ版Ｙ版には、何が出力されましたか？
ＣＭＹ版にＭ版とＫ版が合成されたように出力され、
Ｋ版には殆ど出力されない状態です。

>シーバス＠大阪さん
ron.さんの質問に答えたとおり、Ｃ・Ｙ版にＭ・Ｋ版も一緒に出力されたような状態ですので、
Ｍ・Ｋのみの出力では駄目なんです。説明不足でした。すいません。

後になってもう一台のPS2対応のRIPで出力したら、正しく出力されました。
不正に出力されたRIPはPS3対応だったんですが、それが原因だったんでしょうか。
なにか納得いきませんが…。

>後になってもう一台のPS2対応のRIPで出力したら、正しく出力されました。
> 不正に出力されたRIPはPS3対応だったんですが、それが原因だったんでしょうか。
>なにか納得いきませんが…。


再現性があるのでしょうか？
あるのでしたらRIPのベンダーに相談したほうが……。

> 不正に出力されたRIPはPS3対応だったんですが、それが原因だったんでしょうか。
>なにか納得いきませんが…。

とりあえず切り分けしてください。
そのカラーが悪いのかリップか？？

１別の正しいカラーを作成後送ってみる
２リップ（プリンター）の設定を変えて送ってみる
３トラブッタカラーをもう一度別名保存で正しく保存後送ってみる

これでもトラブルようならRIPのベンダーに相談でしょう

コスダタケシさん、シーバス＠大阪さん、返信ありがとうございます。

再現性はあります。その不正なデータは自社で製作したものではなく、他社さんで製作したものなのです。
そしてかなりの確立でトラブルが起こります。
あと、RIPのベンダーにも相談してみましたが、原因の特定には至らなかったです。
「いろいろな原因がありますからねぇ～」みたいな事を言われました…。
こういった場合、不正なデータをベンダーに送って検証してもらう、というのは
一般的なことなのでしょうか？
あとは、データを作ってる会社とも相談してみることも必要ですね。

いろいろと相談に乗ってもらいありがとうございました。
結果は報告いたします。

> そしてかなりの確立でトラブルが起こります。

自社で作成されたカラーは正しく出力されますか？？
出力されるなら原因は、保存の仕方でしょう

＞Photshop5.5で作成したCMYKの画像で

ひょっとしたら　別名保存の時に下にでてくる所（３箇所）にチェックが入ってませんか
（名前を忘れてしまいました・・笑）
（これは開いて別名保存で確認できる時と出来ないときも有りますが）

対処の方法としては
すべて新たに自社で別名保存で正しく保存し貼りなおし
（バッチ機能を使用）
昔　カラーがおかしくなった記憶がありますけど・・笑

あと　リップの設定で多少変わる可能性はありますが
（環境によって違いますのでなんとも言えませんけど）

> こういった場合、不正なデータをベンダーに送って検証してもらう、というのは 一般的なことなのでしょうか？

はい　解らない事は専門家に聞きましょう
（時間と忍耐が必要ですが）

> あとは、データを作ってる会社とも相談してみることも必要ですね。

是非相談してみてください