> 例えばオブジェクト（四角形）を50mm×50mmで描画すると情報パレットではW50mmH50mmと表示されるのですが、変形パレット上ではW50.0001mm H50.0001と表示されます。（時にはW49.9998mm H49.998mmと表示される）

Illustrator CS の仕様だそうです。

Illustrator CS 2 でまた仕様変更になっていて、きりのいい数字で
表示されるようになりました。

参考：
ピヨってるブログ 変形パレット中の小さな変化（Illustrator CS2）
http://piyotteru.blog12.fc2.com/blog-entry-59.html

CLさんありがとうございました。
イラレをCAD代わりに図面描いたりしているのでとても気になっていました。