透明化オブジェクトの出力エラーについて（InDesignCS）

先ほどとは別の質問です。
Mac OS 10.4.2でInDesignCSを使っています。
InDesignCS上で写真画像（角版）の上に違う写真画像（角版、ドロップシャドウ処理）を重ねてドキュメントを作成しました。
その後、PS書き出し→Distiller経由→PDF/X-1a出力を行ったところ、下にある写真のエリアごと上に重ねた写真と一緒に切り取られて0.5mm程ズレて出力されてしまいました。
ただ、InDesignCSからダイレクトにPDF書き出しプリセットで出力したPDFファイルに関しては、きちんと出力されています。
ただこの方法だと、３割ほどファイルサイズは大きくなります。
出来ればファイルサイズが少ない、PS書き出し→Acrobat→PDF/X-1aの方法でエラーなく出力したいのですが、この出力エラーの問題がまだ解決出来ていません。
どなたかこんな事態に遭遇している方はいらっしゃるでしょうか？