透明効果どうやって処理する？

印刷屋で外からのデータ－を処理していますが、
この前初めてイラストレーター9.0透明効果を使ったデータ－がきましたが
MACからレナトスという機械をとうしてCTP出力しているので
どうしてもイラストレーター5.5に落とすので透明効果を
のけなければなりません。
書き出しでエラーがでたため階層ごとに書き出し、PhotoShopにて
乗算して作り直しました。
こんな手間のかかること忙しいときにやってられません。
書き出しでエラーが出たのはメモリー不足のためでしょうか。
（そのときは上司のMACのパワーブックにしか入ってなかったのでメモリーの
せいかもしれませんが・・・）
何かちゃんとしたやり方はあるのでしょうか？