イラレ保存でのPDF互換

現在、MacでCS2を使用して書籍を作成しているのですが、
ひとつ気になっている事があります。
イラレファイルをネイティブで運用（InDesignで配置する）していく場合に、
保存の際に「PDF 互換ファイルを作成」というチェックを入れると思います。

このチェックをいれたイラレファイルを、InDesignに配置した時って
イラストや図版のサイズではなく、アートボードのサイズで配置されるのですが、
これは問題ないのしょうか？　そういうものでしょうか？

いままでのEPSなどでやっていた時は、配置して後に
「オブジェクトサイズの調整」など利用してたのですが、
PDFチェックいれると使えなくて不便だなぁって思っている次第です。

これって、どうなのでしょうか？？
宜しくお願い致します。