> イラレのファイルを保存するとたまに文字化けがおこりデータがなぜか化けたデータと化けてないデータにわかれます。

ファイルを作成してオブジェクトに何かしらの操作をすると作成されるテンプファイルでしょう。通常はドキュメントを閉じると自動的に削除されますが、削除されずに残ってしまうこともあります。

> ちなみにファイル名はよく半角カタカナ

ファイル名に半角カタカナは使わない方がよいのでは？