> Plug-ins　の　Startup.ai　をいじっているのですが今までの
> Startup.aiが起動されてしまいます。
> どうしてですか？どこを変えればいいのですか？

どうして？と聞く前になにをどうしたか、もうちょっと詳しく書いてくださ
い(^_^)
winですね。ボクの環境はイラレ8ですが、出来ますよ。Startup.aiをダブル
クリックして起動後、スウォッチパレット又はブラシパレット内を自分の好き
なを登録したり、既存の物を削除したり……で。保存。一度、イラレを終了し
て、立ち上げると先ほどの保存が反映されていますが(^^ゞ

あとは、オリジナルのスウォッチライブラリを作る方法もあります。まずは
新規作成。既存のスウォッチパレット内をすべて削除（パレットオプションの
『未使用項目を選択』→『削除』）。で、色々登録します。好きな名前を付け
てイラレ形式で保存。ファイルをイラレフォルダ内の『スウォッチライブラリ
』に入れます。イラレを再起動すると、メニュー→ウィンドウ→スウォッチラ
イブラリに先ほどのファイルが出ているので選択すると、自分のパレットが出
来ます。ブラシも同じです。
一度お試しあれ。