PDFをEPSで出力し、Illustrator で編集したい

はじめまして。
「朝刊太郎」というフリーの新聞作成ソフトを使って、大学内に配布するA4 １枚の新聞を作成しています。
　このソフト自体は大変使い勝手が良く、気に入っているのですが、いかんせん他のソフトとの連携が悪いのです。エクセルで作成したグラフを新聞内に入れ込もうとすると、解像度が著しく低下してしまいます。
　そこで、PDFで出力して、Acrobat 6.0 で EPS で出力し、Illustrator10 で編集したらいいのではないかと思いました。
　ところが、色々設定をいじってみたのですがフォントが崩れてしまいます。フォントを全部埋め込めばいいのではないかと思ったのですが、なかなかうまくいきません。設定するタイミングが多く（コントロールパネル＞プリンタの設定、Distiller、新聞太郎からのPDF印刷時、Acrobatからの出力時）、また設定箇所も膨大なため、全ての組み合わせを試したわけではないのですが、トライアル＆エラーでは限界があり、お力をお借りしたいと存じます。
　現在、PDFに出力されたものは問題ありませんが、EPSをIllustrator で開こうとすると「pdf-JSMincho-LT:所在不明のフォントは、初期設定のフォントで代...」などのエラーが大量に出てしまい、フォントがほとんど置き換えられてしまいます。
　オリジナルでは、「フォント」フォルダに入れてあるフォントしか利用していないですし、さらにフォントは全て埋め込む設定にしてあるはずなのですが、どうすればいいのでしょうか？
　以上宜しくお願いいたします。