ファイル名でのデータ管理を兼ねる意味で、暗号化した名称を付けるのはどうでしょうか？　例えば、『書籍名（もしくはその書籍の略号）-ノンブル-画像の通し番号』という順で、間にハイフンで区切りをつけるといった感じで。書籍の内容ごとに適当な容量でフォルダにわければ、後で探し出しやすいと思います。通し番号のトコロには画像の略名かなんかでもイイと思います。

後は、CD-Rなどでキチンと整理して管理すれば良いと思います。耐用年数はどんなメディアにもあるので、しょうがないのですが、MOは長期保存にあまり適しておりません。対費用効果でCD-Rが今のところ一番良いのではないでしょうか。焼き込みに使用するライター、メディア、ライティングソフトに信頼性の高い物を選択してちょっとした注意を払えば良いと思います。ちなみに、私はプレクスター社製ライター、SONY製（太陽誘電OEM）メディア、BHA社製ライティングソフトを使用しております。高品位のケーブルを使用することも大切です。データの重要度にも因りますが、等速で焼き込み、同じ物を2枚作成し、高温多湿直射日光を避けて保管するなどの注意を払えばよろしいのではないかと思います。

大容量HDも最近は安価で入手できますので、CD-RとHDでバックアップもよろしいかと思います。

私も依然、家電製品と、食料品のチラシの写真をDB化して
数千点管理していたことがありました。
写真の管理ってほんと大変ですよね～

写真の保存名は全て半角英数で管理していました。
家電なら「型番のアルファベット+管理数字3桁」、
食料品なら品物ごとに暗号化していました。
（豚肉ならポークのpと肉のmeと管理番号3桁」など。
　またこれも切り身や、かたまりでもまた違ったりして…トホホ）
ポジにも同じ名前を書き込んでいました。
製品がリニューアルされたりする度に更新、
拡大率があわなくなれば、同一画像で大きさの違う物を
数点扱うという（この場合、管理番号の後ろにA,B,Cなどつける）
気の遠くなるような作業でしたが、これが一番無難で、
作業者が共有しやすいようでした。
でも、もっと管理しやすい方法があったのでしょうかね…(^^;
（ちょっと弱気）