友だちに頼まれてカラーのパンフレットを作っています。

もらった写真をフォトショップで加工し、EPSファイルにしてイラレに配置してみました。
そのイラレのファイルをEPSで保存しようとすると以下のメッセージがでてきました。
『書類に透明部分が含まれるリンク去れたEPSファイルがあります。正確にプリントするには、これらのファイルを埋め込んで下さい』

これは入稿するのに問題があるでしょうか？
もしあるとすれば、どこをどうな直せばいいでしょうか？

私はもともとWebの方をやっているのでDTPに関してはよくわからないのです。すごく基本的なばかな質問なのかもしれませんがよろしくお願いします。

MacOS 9.1
photoshop6.0
illustrator9.02を使っています