「文字揃え」が「中央」になっていると、ベースラインがズレますね。
「欧文ベースライン」にすればズレないようです。

＞合成フォントは数字に設定してるので、かな、漢字などには影響しないはずなのですが

個人的に、合成フォントにした時点で別のフォントになると思ってます。
IllustratorCS2だと合成フォントでは異体字パレットで元のフォントの異体字が表示されなかったりしてます。

それから、
原因を急いで探してらっしゃるのかもしれませんが、
マルチポストは避けた方がよろしいかと。