環境G4/400 MacOS9.1　クォーク4.1　イラレ8.01　フォトショップ6.0

上記の環境で作成したクォークのドキュメントをフライトチェック4.3にかけると、イラレの貼り込みにフラグのたつフォント（ドキュメントによってまちまちですが、新ゴMや中ゴシックBBB等）があります。フラグのたつ原因は“標準でないエンコーディング”です。
フラグのたったフォントが他のドキュメントでは問題なかったりもします。クォークやイラレで開くときには問題ありません。

考えられる原因を教えていただけたらと思います。