> 複合パスをかけなかったグリフレットがフィルム出力した際に■に化けてしまいました。

これは、中マドになっている箇所が塗りつぶされてしまったということでしょうか？
パスファインダパレットで中マドにして、アピアランスを分割していなかったとかはありませんか？

返答ありがとうございます。
＞パスファインダパレットで中マドにして、アピアランスを分割していなかったとかはありませんか？

おっしゃる通りイラレＣＳ２で■の上に白文字を打って、アウトラインしたものをグリフレット保存して、glyphlet managerに登録しただけです。アピアランスや複合パス作成など何か必須としてやらなければならないことが必要なのでしょうか。
とりあえず、複合パスをアウトライン化したものにかけることによって回避ができることは実証したのですが・・・

> とりあえず、複合パスをアウトライン化したものにかけることによって回避ができることは実証したのですが・・・

　複合パスは、必ず、やってください。そうしないと今回と同じことが起きます。これは、フォントを作る人からみれば常識ですが、
そうでない人には判らないことです。

返答、ありがとうございます。アドバイスを読ませていただく限り、これは起こるべくして起こったことであって、今回このような結果が得られたことは勉強になったととらえることが一番なのかなと思いました。確かに複合パスをかけなければならないことなど全くの無知でしたのでその点は反省すべきだと自分自身納得しております。アドバイスありがとうございました。

Photoshop 6以降でクリッピングパス作る時、
「パスが重なる領域を中マド」
を選択しないといけないのと同じ理屈ですよ。