ダブルトーンのパーセントを変えると問題？

MacOSX10.3.9+InDesignCS+Photoshop7+Illustrator10にて
2色刷の印刷物を製作しています。
シアン版とブラック版を使用しています。
写真については、フォトショップのダブルトーンで2色混じった画像に変換しています。

ここで質問なのですが、
ダブルトーンにするとき、例えば、シアンを50%にしたり、ブラックを90%にすると、
InDesingCSでプリフライトした時に、△の黄色い警告が出てしまいます。
警告の内容は、
「6 特色インキ
この文書には次のものが含まれています 3 重複の特色」

この警告は無視すると問題が起きるでしょうか？
例えば、写真の部分が白くなったりするのでしょうか？
やはり、100%のシアンとブラックでダブルトーンにした方がいいのでしょうか？

よろしくお願いします。