PDFで圧縮するとQRコードが反転して出力されました。

os10.3.9を使用しています。
イラストレータCS2においてフォーマットAdobe pdfで別名保存したのですが、保存されたデータをAcrobat7.0で開けましたらQRコードが白黒反転になっていました。
保存方法の詳細は準拠する規格をPDF/X-1a:2001を選択し、カラー、モノクロ、白黒をすべてダウンサンプル（バイキュービック法）、
350dpi、圧縮をすべてzipにしました。
再度その設定で保存しますとちゃんとバーコードは表示されました。
バーコード白黒反転になった場合、保存方法を間違えていたのでしょうか。
イラストレータのデータでは、QRコードの写真は埋め込まれています。
よろしくお願いいたします。