縦組みのカンマ

通常、横組みで算用数字を入力した場合に1,000円等はカンマ, を千単位でつけて、縦組みの時にはカンマは使わないと思うのですが、入れないで校正出したらお客さんから, を入れる支持がありました。
しかし、縦組みに, を入れると出力した時に横にずれてしまいます。
組版はクオーク4.1、環境はMacG4-OS9.2.2、モリサワCIDフォントです。ちなみにプリンターはゼロックスFX Docu Color1256 PSです。
プリンターや環境に問題があるのでしょうか？それとも縦組みの, に問題があるのでしょうか？わかる方がいたら教えて下さい。