インデザインのRGBをCMYKに

ファイル--＞データ書き出し--＞EPS--＞CMYK
一気にCMYKデータができますよ。

手元にCSとCS2しかなかったのでそれ以外は知りません
確認はAcrobat Distiller 7.0にてX1aに。

オブジェクトのデータがRGBで色指定されていた、ということでしょうか？
であれば、

1.「スウォッチ」パレットのオプション、「名称未設定カラーを追加」を選択
　（スゥオッチに登録されていないカラーを追加するため）

2.RGBでカラー指定されいるスォッチを選択（CS3では複数選択できました）

3.「スウォッチ」パレットのオプション、「スウォッチ設定」でカラーモードを「CMYK」に変更

これでスウォッチに登録されているRGBカラーをCMYKに変更できます。
この場合、ブラックをRGB→CMYKに変更すると「掛け合わせ」の黒になってしまいますので、ご注意を。