イラレCS３

> すみません。初歩的なことです。
> 画像が配置するとeps形式でも埋め込まれてしまうのですが
> リンクにはできないのでしょうか。

FAQですが、リンクのチェックが外れているだけだと思います。
配置を実行して表示されるダイアログウィンドウの左下あたりにある
“リンク”のチェックボックスをご確認ください。

あと、CS２までしか持っていませんが、
Photoshopからドラッグドロップすると埋め込みになります。