> PDFデータから別名保存でHTMLに変改しました。成功かとおもいきや
> 4ページ程どうしても表示されないページが発生します。

最初からhtmlを組むか、使い物になるソースを書き出すための修正をしないと難しいと思いますよ。自動で簡単にできるなら誰も苦労はしませんし、仕事としてお金を出して加工ということにはならないと思います。