> イラレ5.5で普通に使っていたKPTフィルタがイラレ9で使えません。
> やり方がおかしいのでしょうか？
> フィルタのフォルダの中にKPTを入れているのですが．．．．．

Vector Effects Version1.1をお使いでは？？？

Vector Effects 1.5の「お読みください」には
マニュアルに含まれていない注意事項として、
Vector Effects 1.5は、Adobe Illustrator 9.0日本語版でのみ
動作保証いたします。Adobe Illustrator 5.5/7.0/8.0の各日本語版を
お使いの場合は、同梱のVector Effects 1.1をお使いください。
と、あります。

逆に言うならば、Adobe Illustrator 9.0でVector Effects 1.1は
使えないということになります。（実際にそうです、私のところでも）

> 信用ベータフィルタも同様の症状を示しています。

これからも、出てくる可能性はありますね

> イラレ5.5で普通に使っていたKPTフィルタがイラレ9で使えません。
> やり方がおかしいのでしょうか？

Illustrator9.0では、今までのプラグインツール類が機能（認識）しないようです。
（私の使用しているプラグインツールで、まだ一部のテストです。）
まずはプラグインとして認識出来なければ何も機能しませんので、開発元のAI9.0
対応版を待つしかないのかもしれません。