とりあえず、ひと区切りのついた部分でリンクを切ります。
当然、溢れマークの付いたフレームグリッドとなります。それをドラッグコピーします。
そのコピーされたフレームはそのフレームの前の部分は含みませんが、溢れた部分を含みます。
これの繰り返しで可能なようですが、リンクを切ったコピー元の溢れマークが問題となりますね。
他にいい方法はないでしょうかねぇ…

CS4なら［ページへ移動…］でリンクを維持したまま別のinddへ移動できます。
リンクを切るというよりも「ページパネルで選択したページ範囲だけリンクを維持して別のinddへ移動する」という発想です。これで章ごとのinddに分けることができます。

追記：
「ページへ移動…」ではなく、「ページを移動…」でした…
ページパネルメニューの中にあります。

これはリンクを切らなくても「改フレーム」でもOKな場合もありませんか？
大幅に文字数が増えるとダメですが…。

場所は「メニュー」→「書式」→「分割文字の挿入」→「改フレーム」です。