手前味噌なんですが、
http://ryusei3000.blog68.fc2.com/blog-entry-37.html
http://ryusei3000.blog68.fc2.com/blog-entry-48.html
の件でリンク更新をアラートされる
と解釈しました。

パッケージ元データは、そのままにしておき、
パッケージ先のinddを開き、リンク情報を見ます。
このとき、リンクしているファイルパスが見れますので、
パッケージ先のLinks内にリンクしていると思います。
同様に、どこにリンクしているかご確認ください。
リンクについては、ご自身で把握しておくべき重要項目の１つです。
ぜひ、ご自身で確認＆把握されることをお勧めします。

ご回答ありがとうございます。
リンク先を確認できる情報があったんですね、ありがとうございます。
一つ一つ確認するのが理想的なんだと思いますが、イチ見開きに25点ほどリンク画像があり、全部で40ページ以上あるようなボリュームのものを扱っているので、インデザインのシステムとしての性質を知りたいなと思って質問いたしました。更新時間について詳しくわかる情報も教えていただき、ありがとうございました、大変参考になりました。

一つ一つ確認するのが理想的なんだと思いますが、

全てのリンクアイテムを確認するのは大変でしょう。（＾＾；

ちなみにですが、
パッケージ時に「パッケージ内のグラフィックリンクの更新」
をONにするかOFFにするかで挙動が変わります。

ONにすれば、パッケージ先のLinksフォルダ内に
再リンクされますが、OFFだと、パッケージ前のフォルダに
リンクしたままになると思います。

パッケージ後はパッケージ前のフォルダ構造を破壊した方が良いです。
　ほげ/第1章/第1章.indd
　ほげ/第1章/図1.ai
　ほげ/第1章/写真1.psd
のような構造でパッケージしたならば
「ほげ」フォルダを「ほ0げ」フォルダにリネームすることで、
パッケージ時に「パッケージ内のグラフィックリンクの更新」を
OFFにしていても、パッケージ先のLinks内を見に行きます。
こういう挙動を御自身で把握されると良い（無用なトラブルを回避するため）と
思いましたので、先のようなレスを致しました。

さらにご回答いただき、ありがとうございます。

パッケージ時に「パッケージ内のグラフィックリンクの更新」をONにするかOFFにするかで挙動が変わります。

こんな機能があったんですね！さっそく確認してみます。

パッケージ後はパッケージ前のフォルダ構造を破壊した方が良いです。

こちらも有効ですね、実践いたします。

ご丁寧にありがとうございました、大変助かりました！