これは（１）の部分に正規表現スタイル（InDesign CS4以降）で対応してみてはいかがでしょうか。

（１）などで使用するフォントなどを設定した文字スタイル（今回はDF細丸Gですが画像は小塚ゴシックです）を作ります。
そして段落スタイルの正規表現スタイルというところで、適用条件を設定します。

そうすると、（１）などが出てきたら自動的にスタイルが適用されます。
そうすることで手動での作業を減らしてミスを減らせると思います。
　
　
詳しくは以下のページをご覧下さい。
●No.07 正規表現スタイル | InDesign CS4 | InDesignの勉強部屋
http://study-room.info/id/studyroom/cs4/study07.html

今気がつきましたが、添付画像の例だと、3文字で(1)と表すようなもので数字が一桁のものか、1文字で(1)を表す(1)～(20)までのものだけが適用されますね…。

こんな機能あったのですね。ありがとうございます。
参考にしたいと思います。

ですが、今回編集しているものは、他に担当者が何人かおりまして、
正規表現？ﾅﾆｿﾚという方もおり、あまり勝手に複雑なスタイルは使用したくないのです・・・。

なんとか簡単に検索できないかと思ったのですが、難しいでしょうか。
せっかく教えていただいたのに、すみません。

ちょっと理解していないかも知れませんが、メニューの「書式」→「フォント検索」で問題のフォント名を検索していけば良いのではないでしょうか？

ただ、オペレーションに携わる身としては、自動化できるところは自動化して人為的なミスを減らすように心掛けた方が良いと考えています。操作ミス・手順ミス・確認ミスは誰でも嫌ですから。

スレ主さんのやりたいことは、
問題の無い部分のDF細丸Gの字形はそのままで、
それ以外の部分のDF細丸Gが適用された部分を検索したいのですから、
[^⑴-⒇]
を正規表現の検索に入れて、検索のフォントを「DF細丸G」に設定して
検索を実施すれば該当箇所を掴むことが出来ると思います。
ただし、(1)～(20)のような、パーレン+数字+パーレンのように組み合わせた
表現には前述で記載したパターンではマッチさせることができません。
\(\d+\).
のように対象後の１文字までを検索対象にして、
検索のフォントを「DF細丸G」にすれば、間違っている場所を特定することが可能と思います。
食わず嫌いせずにケースバイケースで使い分けてみて下さい。
いままでの作業は何だったんだ！っていう発見につながれば、もう手作業には戻れません（笑）
そして機械的に処理されますから事前処理を間違えなければ正確に動作させることができます。
何かの参考になりましたら、幸いです。ではでは。

[^⑴-⒇]　これで希望の検索ができるようになりました！ありがとうございます。

\(\d+\).　は字形じゃない（１）を検索するものですよね？
\dは数字だからそれ＋\・・・・？？
勉強不足でよくわかりませんが、なんとか理解できるようになりたいと思います。
助かりました！自動化もできるようにがんばります。