イラレ→PDFでアートボードと異なるサイズになる

こちら、IllustratorというよりはAcrobatの質問になると思います。

Acrobatの「PDFのページサイズにあわせて用紙を選択」に
チェックを入れている場合、Acrobatで認識している
各ページのページサイズを基準に用紙サイズが自動設定が
なされるのは、表記の通り普通の動作だと思います。

よって、まずはAcrobatで「文書のプロパティ」を表示させ、
ページサイズがどう認識されているのかを確認してみてください。


あと済みませんが、2ちゃんねるのDTP板でも質問されているようなので、
情報を一本化するなどしてください。
（マルチポスト状態なので）

お早い対応痛み入ります、助かります。

マルチポストに関しては申し訳ありません。


Adobe® Reader9

a4サイズで作成したものの場合

プロパティで表示されたサイズ
216*303

印刷の再表示されるサイズ

257.01*363.98


プロパティで表示されるサイズについてですが、

過去に作ったデータはサイズきっかりで表示されますが、

今ためしで作ってみたデータは+6㎜のサイズが表示されます。

こちらはAcrobat X Proなので同一バージョン等ではないですが、
本設定は、選択したプリンタで該当サイズが出力可能な用紙サイズを
自動設定する機能になると思います。

その際、216*303mmが入る最小の用紙サイズが257.01*363.98
（おそらくJIS B4）しかプリンタ側に用意されていない場合は、
結果としてそれが出てくるのは適切な動作と考えます。

なお通常は明示的に用紙サイズを選択するのが必要だと思うので
（現在プリンタに挿入されている用紙を選ぶのが適切なので）、
本機能は限定される利用になると個人的には考えます。