CS4とCS6の相互性

少々時間が経っているので既に返信不要かもしれないのですが、
IDMLで完全互換を取るのは困難であることや、
実質3バージョンの差があるので、より難しい状態だと思います。

基本的にはバージョンをあわせて作業されるのが望ましく、
そうでなければフォーマットデータを使用バージョンにあわせて
再作成しなおすしかないと思います。