特色＋CMYKの入稿データを作る方法

新米デザイナーです。Photoshopは慣れていますが
イラストレーターがほとんど使えません。

以下について、困っております。ご教示願えますか？


現在クライアントからの発注で
パッケージデザインを作り、完成したのですが

納品後に
特色1色とCMYKの印刷用のデータで再度納品して欲しいと
ご要望がありました。
具体的には、画像を埋め込まずに、レイヤー分けの状態で
全てベクターになっているイラストレーターのデータが
欲しいとのことです。

しかし最初に渡したデータは、トンボのみイラストレーターで、
そこにPhotoshopのレイヤー統合した画像を配置したものです。

Photoshopのレイヤー分けしたままの画像を
イラストレーターにレイヤー分け状態で全ての
レイヤー上の画像をベクターに変えるには、

Photoshopのレイヤー分けの画像を1つ1つEPSで保存して、
イラストレーター上にレイヤー分けして配置し
埋め込みにする必要がありますか？

元となるPhotoshopのデータのレイヤー数は100近くあり
また、EPSで保存するとどうしてもイラストレーター上で
透過部分が白になってしまい、切り抜きが
上手くできません。

レイヤーごとの画像をPNGにすると
アートボードの大きさとズレだ大きさで配置され、
調整しても完成イメージの配置を正確に再現
できていません。

もっと簡単で正確に
Photoshopのレイヤー分けデータを
イラストレーター上に埋め込む(ベクター化)させ、
レイヤーも保持できる方法があれば
ご教示頂けないでしょうか？

よろしくお願い致します。