まず、Acrobatのバージョンはどのバージョンでしょうか？（バージョンが新しくてもPro版ではないとプリフライトの機能が使えません）

最新版ですと印刷工程パネルから「プリフライト」を選択して、プリフライトを開始できます。

• Adobe Acrobat XI * 印刷工程ツールの概要（Adobe）

あとは用途に応じてプリプライトプロファイルを選択し、ダブルクリックすれば、プリフライトが開始されます。

印刷用途であれば、「PDF/X-1a」「PDF/X-4」準拠かどうかをチェックすると、多くの印刷トラブルの原因は確認することができます。
ただし、印刷方式によりトラブルの原因は異なるので全ての印刷トラブルの原因がチェックできるわけではありません。