ちょっとフォントが分からないのですが、縦組み用全角字形なのに回転していないのですね。
　
画像はWindows 7・InDesign CC（無印）で小塚ゴシック Pro6 NフォントのRegularですが、字形パネルでは回転した状態で見えています。

お手数をおかけしております。

フォントはDFP中丸ゴシックです。

再度、画像をUPいたしますのでご確認ください。

フォントはDFP中丸ゴシック体ですね。これはTrueTypeフォントでしょうか？
Windows 7でInDesign CS3の環境が現在弊社にはないので、InDesign CS 5.5でTrueTypeフォント版のDFP中丸ゴシックを使った状態で確認させてもらいましたが、PDF/X-1a・PDF/X-4への書き出しは正常に行われました。
　
なお、フォントがTrueTypeフォントの場合、販売元のダイナコムウェアはPDFへの埋め込みは対象外となっています。

関連情報を掲載しておきますので参考になさって下さい。

• TrueTypeフォント版のダイナフォントを使用してPDF変換すると文字化けする場合があります（DTPサポート情報）
• Illustratorでダイナフォントを縦組みで使用するとPDFにフォントが埋め込めこまれない（DTPサポート情報）

ありがとうございます。

助かりました。

今後もお力をお借りすると思いますが、よろしくお願いします。