Windows版ですよね？
Mac版なら↓のAppleScriptでできそうですが…。
　

InDesignドキュメントで指定した段落スタイルもしくは文字スタイルを満たす文字列をページごとにリストに書き出します

• InDesign(Mac)で索引・目次用リストを作成するAppleScript（生活向上ブログ）

　
※画像は上記ページから。

Windows版InDesignでも使えそうなものを他にも探してみました。（有料版）

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●Abstract

• http://www.openend.co.jp/productsinfo/abstract/index.html

「インデザインのテキストボックス、表組からデータを抽出」

カタログデータを抽出して様々な用途に活用できます
インデザイン（CS3～6）で作成されたカタログの商品情報などのデータを、段落スタイル・文字スタイル・フォント名・フォントサイズ・レイヤー名・正規表現を指定して一致したデータをCSVなどで抽出します。抽出したデータは、初校と２校など校正段階での比較結果の出力、基幹系データとのマッチング処理、インデックスの制作、データベースへフィードバックなどが可能になり、様々な用途に活用できます。

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●イッキに索引　Windows8 対応版　－解説－　InDesignプラグイン

• http://www14.plala.or.jp/snd_soft/IK_Sakuin/IK_Sakuin_kaisetu.htm

本ソフトは、Adobe InDesign で作成された索引マーキング済み文書から、高速に索引語句を抽出して読みを発生するエンジン部分を中心に構成されています。またもう一つの特長として、InDesign で索引語句のリストを作らず、Microsoft Excel・Word をアウトプット部分に採用し汎用性を高めています。

「イッキに索引」のInDesignプラグインはスウォッチをトリガーにしているので、一時的に文字スタイルに「特定のスウォッチ」を割り当てる事でうまくいきそうです。
　

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●株式会社アイワード - 編集者の業務をソフトでお手伝い 索引抽出・ページ参照の作成支援

• http://www.iword.co.jp/modules/outline/index.php?content_id=8

InDesignでの文字組版が主流になってきているなかで、従来のデータベースからの索引抽出のような感覚で、組版テキストからスムーズな索引抽出やページ参照をしたいとの要望にお応えするシステムをカスタマイズ運用しています。

開発依頼されるならこういうところでしょうか。

目次のように抽出…順番はページの順番、抽出する単語が重複する可能性あり
索引のように抽出…順番はよみがなの順番、抽出するページ番号が重複する可能性あり、よみがなのデータが必要

となりますので、どういうデータが欲しいのかによって方法がかなり違ってきます。

皆様ご回答ありがとうございます。

PCはWindowsを使用しています。

皆様のご回答をみる限り標準的な機能では拾えないようですね…。とりあえずスクリプトを書いて対応したいとおもいます。ご回答ありがとうございました。