InDesignに配置したaiデータの画像がpdfに書き出すと違う画像に置き換わっていました。
aiデータ内の画像が置き換わってしまいました。
中解像度・トンボなしで書き出した時には
起き変わることなく、きちんとpdf書き出しができました。
データ自体に不備はなく、リンク画像の名前もバラバラにしてあります。
なぜ、こんな事が起きたのか原因を知りたいのですが、
分かりますでしょうか?
よろしくお願いいたします。

考えられる理由のひとつとして、サーバー上にある画像データの処理で問題が発生している、ということがあるのかもしれません。
使用しているMacやWindowsのマシンにリンクファイルすべてを置いてPDFを書き出せばトラブルは抑えられるかもしれません。
※とはいえ、全部ローカル(自分のMacやWindows)にファイルを置いて編集なんて難しいのも事実ですが…
saihateさんの件は、高解像度ではなく、画像のダウンサンプルをしないようにして書き出すと結果が変わるのではないでしょうか。
PDFを書き出す際に一旦取り込んだ画像ファイルの処理でおかしくなっているように見受けられるので。
(書き出し時の空きメモリも影響しているのかもしれません)