版数の調べ方について

はじめて質問させてもらいます。クライアントから特色印刷を頼まれて一色でデータを作りたいのですが、1%の色が極々一部に使われていたりとIllustratorの分版プレビューやPhotoshopのチャンネルで該当箇所を調べることができません。PDFのプリフライトで版数を調べることはできるのですが、どこに1％が使用されているのか見つけることができず、またレジストレーションにも反応してしまうのできちんと探しきれずにデータ不備で返ってくることがあります。
今は怪しいところをPDFの印刷プレビューでカーソルを当てて地道に探しています。
結構な数のデータの数があるので、見落としも多いです…。
何か良いアイディアはないでしょうか。深刻な問題になって困っています。p.p1 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px 'Hiragino Kaku Gothic ProN'; -webkit-text-stroke: #000000}span.s1 {font-kerning: none}