配置した画像には・・・

×マークは「リンク画像」として配置された画像につきます。
配置時に出るファイル選択ボックスの下にある「リンク」にチェックが入ってませんか？。
つまり「埋め込み画像」にしたい時はチェックを外します。

それよりも、書類の中に別の画像を「配置」することと、画像を一つの書類として「開く」ことの違いを、どなたかうるるさんに教えて上げて下さい…。
それは、使用OSとそのバージョンや、Illustratorのバージョンに関係なく、共通の知識だと思いますので、うるるさんがそれら質問者が必ず説明しなければならない事柄について説明されていなくても、問題なく説明はできると思います……たぶん。
「マウンテンボックス」とはググって見ると山小屋のようなものを指す用語のようですが、これが文脈の中で何を指しているのか分からないので、ひょっとするとIllustratorの話ではないのかもしれませんが。

> マウンテンボックス
バウンディング・ボックスではないかと思います。

その他大勢さんの意見で、質問の完結になっていると思うのですが。

みなさま、本当にお恥ずかしいです。
「マウンテンボックス」ではなく、確かに「バウンディング・ボックス」でした。本当にすみません。
勝手に言い続けていました。あきれられちゃいますね。基本なのに。
「その他大勢」さんのご意見で、×のマークが消えるというのは確認し、納得しました。ありがとうございます。
ただ・・・「ふぁんてーる」さんが指し示してくれたように。「配置」と「開く」の違いが知りたいのも確かです。ありがとうございました。
もしこんな私に懲りずにご回答くださる方がいらっしゃいましたら、どうぞよろしくお願いします。

良くあることですよね。思い込みで間違ったまま覚えていると言うことは。
まあご本人としては若干恥ずかしいかも知れませんが、気にするには及びません。

「開く」と「配置」の違いはそれ程複雑なことでは有りません。
「開く」は、新しくIllustratorのドキュメントとして、既に保存されてあるファイルを、文字通り「開く」ことです。
開けるファイルの種類は、Illustrator形式に限りません。

「配置」とは、既に開いているIllustratorのドキュメント上に、他のアプリで作成・保存されているファイルを、これも文字通り「配置」することです。
配置の場合、「リンク」と「埋め込み」を選択できます。
その辺は、その他大勢さんのコメントどおりです。

http://Illustrator-ok.com/bbs_log/faq/contennts/faq_convert_1.htm#link
こちらも参照してください。

なお、バージョンCSから、Illustratorのファイルも「配置」できることになったようです。